目前水處理的主要目標是要達到政府所訂的放流標準，只是近年產業越來越多元，汙染物的種類也多樣化，而同一的放流標準也無法一體適用於不同的生態系。所以，我們對水資源的保護與應用，需要更有系統而顧及個別需求的思考邏輯。

如果沒有直接危及人類的生活品質與健康，通常汙染是被漠視的，幾乎所有目前的先進國家都經歷過嚴重環境汙染的洗禮。1956年日本熊本縣因為汞汙染所造成的世界知名的水侯病災區的水侯灣(水侯市立水侯病資料館; https://goo.gl/maps/3TboX8MiE2oQ4VRZ8 )，現在是明蝦與珍珠的產地，最近還因為水質太乾淨而有漁獲量減少的問題。所以，Environmental toxicology (環境毒物學)是公共衛生學上非常重要的學問，只有喚起人類健康的憂患意識，環境問題才會被重視。而Aquatic toxicology (水體毒物學)則除了人類外，會考慮魚類等的毒物動力學，因為魚類使用鰓呼吸，很多水溶性的物質對人類影響不大，對魚類卻有很高的Bioavailability。一如磷的排放，由於會對珊瑚骨針成長造成影響，就算是非河口地區，在珊瑚礁區的含磷廢水排放須受到嚴格限制。如日本沖繩縣與論島(https://goo.gl/maps/TqsHQcBp37uVSHUH6)上蔗田農民雖因循JA標準施肥，但石灰岩多孔性地形吸收而直接擴散到岸礁的結果，東側珊瑚礁被優樣化影響的程度反而是比西北側河口地區嚴重，否則一般河口地區通常是優養化更嚴重的地區。所以，包括大規模的農林漁牧業，要真正減少Aquatic pollution必須要個別針對產業與地理特徵做調整才會事半功倍。